Sebastian Schäffer ist Gründungsmitglied von MEIA Research e.V. sowie Gründer und Inhaber von SSC Europe, einem Kompetenz-netzwerk für Seminare, Simulationen und Consulting.
Er ist Geschäftsführer des Institut für den Donauraum und Mitteleuropa (IDM) in Wien und  Generalsekretär der Donaurektorenkonferenz. Er ist Mitglied des Academic Council des Munich European Forum e.V. und Mitglied im Advisory Board von Discussing World Politics e.V.

Zuvor war Sebastian Schäffer wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Politik-wissenschaft der Georg-August-Universität Göttingen und am Institut für Politik- und Kommunikationswissenschaft der Universität Greifswald. Des Weiteren war er wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Forschungsgruppe Europa des Centrum für angewandte Politikforschung (CAP) der Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) sowie Lehrbeauftragter am Geschwister-Scholl-Institut für Politikwissenschaft.

Sebastian Schäffer ist Absolvent des Elitemasterstudiengangs Osteuropastudien an der Universität Regensburg (Schwerpunktfach: Rechtswissenschaften, Ergänzungsfach: Geschichte) und hat an der LMU Politikwissenschaft, Europarecht und Slavistik studiert (Abschluss: Magister Artium).

Seine Expertisebereiche umfassen EU-Russland Beziehungen, Europäische Nachbarschaftspolitik, die Nachfolgestaaten Jugoslawiens und EU Integration sowie die EU Strategie für den Donauraum.