Zuvor war Sebastian Schäffer wissenschaftlicher Mitarbeiter am Institut für Politik-wissenschaft der Georg-August-Universität Göttingen und am Institut für Politik- und Kommunikationswissenschaft
der Universität Greifswald. Des Weiteren war er wissenschaftlicher Mitarbeiter in der Forschungsgruppe Europa des
Centrum für angewandte Politikforschung (CAP) der
Ludwig-Maximilians-Universität München (LMU) sowie Lehrbeauftragter am Geschwister-Scholl-Institut für Politikwissenschaft.
Sebastian Schäffer ist Absolvent des Elitemasterstudiengangs Osteuropastudien an der Universität Regensburg (Schwerpunktfach: Rechtswissenschaften, Ergänzungsfach: Geschichte) und hat an der LMU
Politikwissenschaft, Europarecht und Slavistik studiert (Abschluss: Magister Artium).
Seine Expertisebereiche umfassen EU-Russland Beziehungen,
Europäische Nachbarschaftspolitik, die Nachfolgestaaten Jugoslawiens und EU Integration sowie die EU
Strategie für den Donauraum.